Năm 1277, Thượng hoàng Trần Thái Tông mất. Mùa đông ngày 22 tháng Mười âm lịch năm sau (tức 8 tháng 11 năm 1278), Trần Thánh Tông nhường ngôi cho con trai là Thái tử Trần Khâm - tức Hoàng đế Trần Nhân Tông - và lên làm Thái thượng hoàng, với tôn hiệu là Quang Nghiêu Từ Hiếu Thái Thượng Hoàng Đế (光尧慈孝太上皇帝). Thể theo phép tắc triều Trần, Thượng hoàng tiếp tục cùng Hoàng đế điều hành chính sự. Trong bối cảnh Nguyên-Mông đang từng bước chuẩn bị tấn công Đại Việt, hai vua Trần đã đề ra các biện pháp khuyến khích phát triển nông nghiệp, thương mại, đồng thời đảm bảo sự ổn định và đoàn kết trong nước.[71][8] Khi thủ lĩnh người dân tộc Trịnh Giác Mật nổi dậy ở Đà Giang vào đầu năm 1280, hai vua ra lệnh cho Chiêu Văn vương Trần Nhật Duật đi thuyết phục quân nổi dậy quy hàng. Nhật Duật nhờ giỏi ngoại giao và am hiểu phong tục dân bản địa nên đã thu phục được Giác Mật mà "không tốn một mũi tên".[72].

Từ năm 1278 đến 1281, Nhà Nguyên đã ba lần sai Lễ bộ thượng thư Sài Thung dụ Trần Nhân Tông đến chầu, nhưng vua Trần cự tuyệt[8]. Năm 1282, Thượng hoàng cử chú họ là Trần Di Ái thay mặt vua sang Nguyên.[73] Không thỏa mãn, Nhà Nguyên cử một số quan lại sang giám sát các địa phương của Đại Việt, nhưng đều bị hai vua Trần trục xuất.[74] Khoảng năm 1281–1282, Hốt Tất Liệt lập Trần Di Ái làm An Nam Quốc vương và sai Sài Thung đem 1 nghìn quân hộ tống Di Ái về nước.[73] Hai vua Trần đã sai quân chặn ở biên giới, đánh tan đội quân hộ tống của Nhà Nguyên và bắt được Di Ái, nhưng vẫn nghênh đón Sài Thung về Thăng Long.[75][74] Thất bại trong việc đưa Di Ái về Đại Việt đã khiến Sài Thung giận dữ đến mức khi "vua [Trần Nhân Tông] sai Quang Khải đến sứ quán khoản tiếp. Xuân [cách gọi khác của Sài Thung] nằm khểnh không ra, Quang Khải vào hẳn trong phòng, hắn cũng không dậy tiếp."[76][8] Hưng Đạo vương Trần Quốc Tuấn phải giả làm tu sĩ Phật giáo người Hán đến bắt chuyện, Sài Thung mới chịu tiếp.[76][8]

Sau vụ Trần Di Ái, quan hệ hai bên căng thẳng và đến cuối năm 1282, vua Nguyên một mặt cử nguyên soái Toa Đô từ Quảng Châu đánh Chiêm Thành, mặt khác sai Trấn Nam vương Thoát Hoan tập trung 50 vạn quân chuẩn bị "mượn đường đánh Chiêm" (trên thực tế là tiến công Đại Việt).[8][77][76] Hai vua Trần lập tức bắt tay vào việc chuẩn bị tổ chức kháng chiến. Tháng 10 âm lịch năm 1282, Thánh Tông và Nhân Tông phong Hưng Đạo vương làm Quốc công Tiết chế – tức tổng chỉ huy toàn bộ quân đội Đại Việt.[76] Hai tháng sau, Thượng hoàng mời các bô lão trong cả nước về điện Diên Hồng (Thăng Long) để bàn kế đánh Nguyên. Đại Việt Sử ký Toàn thư thuật lại rằng, khi được Thượng hoàng hỏi có nên chống lại người Nguyên hay không, các bô lão đã "cùng nói như từ một miệng: "Đánh!"".[76]

Tháng 12 năm 1282, khi Toa Đô tấn công Chiêm Thành, hai vua Trần đã gửi 2 vạn quân cùng 500 chiến thuyền sang trợ chiến cho người Chiêm.[78][8]

Chiến tranh Nguyên Mông-Đại Việt (1285)

Ngày 27 tháng 1 năm 1285, Thoát Hoan xua quân tràn sang Đại Việt. Quân phòng thủ biên giới của Nhà Trần bị đánh bại trong các trận đánh ải Vĩnh Châu, Nội Bàng, Thiết Lược và Chi Lăng. Hưng Đạo vương lui về giữ bến Vạn Kiếp (nay thuộc thị xã Chí Linh, tỉnh Hải Dương).[79][8] Đến ngày 11 tháng 2 năm 1285, Thoát Hoan sai Ô Mã Nhi đem binh thuyền đánh phá Vạn Kiếp. Quân Đại Việt chống cự quyết liệt, nhưng sau đó rút lui để tránh thế địch mạnh, thực hiện nghi binh khiến địch mệt mỏi rồi mới phản kích.[80][81] Đến ngày 14 tháng 1, Ô Mã Nhi bao vây 10 vạn quân của hai vua Trần tại Bình Than. Một trận thủy chiến lớn diễn ra và quân Nguyên đã không cản được quân Đại Việt triệt thoái.[82][80] Hai vua và Hưng Đạo vương rút đại quân từ Vạn Kiếp, Phả Lại, Bình Than về đóng trên sông Hồng gần Thăng Long. Tại đây, hai vua cho tập trung thủy quân và xây dựng chiến lũy trên bờ nam để cầm chân quân Nguyên, tạo thời giờ cho việc sơ tán quân dân khỏi kinh thành theo kế vườn không nhà trống.[80][81]

Ngày 17 tháng 2, quân hai bên lại giao chiến lớn trên bờ sông Hồng. Người Nguyên thắng thế, nhưng quân dân Đại Việt đã kịp thời di tản khỏi Thăng Long.[83][81][84] Hai vua dẫn đại quân triệt thoái theo đường sông Hồng về hướng phủ Thiên Trường (Nam Định). Thoát Hoan chiếm Thăng Long, rồi chia quân làm 2 đường thủy bộ ráo riết truy kích.[84][81] Hai vua và Hưng Đạo vương đã tổ chức một số trận đánh chặn tại bãi Đà Mạc và ải Hải Thị, nhưng thất bại. Sau trận Hải Thị, hai vua lui hẳn về đóng tại Thiên Trường (Nam Định) và Trường Yên (Ninh Bình).[85][81]

Tháng 3 năm 1285, cánh quân Nguyên của Toa Đô từ Chiêm Thành đánh thốc vào mạn nam Đại Việt. Hai vua và Hưng Đạo vương sai Trần Quang Khải đón đánh Toa Đô ở Nghệ An.[86][87][82] Quân Nguyên nhanh chóng lấy được Nghệ An và Thanh Hóa, đẩy đại quân của hai vua Trần vào thế bị ép từ 2 mặt Bắc-Nam. Hưng Đạo vương đưa Thánh Tông, Nhân Tông chạy về vùng bờ biển ở Quảng Ninh, Hải Phòng ngày nay. Trong hành trình rút lui, hai vua bị quân Nguyên đuổi gấp. Khi thấy quân Toa Đô đã rời Thanh Hóa tiến lên đóng ở Trường Yên (Ninh Bình), ngày 7 tháng 4 năm 1285 Thánh Tông và vua con lại vượt biển vào Thanh Hóa, thoát khỏi thế bị đối phương kìm kẹp[87]. Toa Đô đã đưa quân vào Thanh Hóa truy lùng vua Trần, nhưng không thể tìm ra.[88][89] Trong thời gian này, nhiều tôn thất Đại Việt như Trần Ích Tắc, Trần Kiện, Trần Tú Viên, Trần Văn Lộng phản lại hai vua, đầu hàng người Nguyên.[90] Tuy nhiên, quân Nguyên cũng gặp nhiều khó khăn do thiếu hụt lương thực, không hợp khí hậu và liên tục bị dân binh Đại Việt đánh phá sau lưng.[91][92]

Tại Thanh Hóa, hai vua Trần đã cho chỉnh đốn, tổ chức lại lực lượng. Tháng 3 – 4 âm lịch năm 1285, hai vua và Trần Quốc Tuấn chia đại quân thành nhiều mũi tổng phản công ra Bắc.[91][88][81] Nhiều người Tống lưu vong đã tham chiến trong cánh quân của Trần Nhật Duật. Để binh lính không nhầm lẫn giữa quân Tống của Nhật Duật với quân Nguyên, Thánh Tông đã sai người căn dặn rằng: "Đó là quân Thát của Chiêu Văn đấy, phải nhận kỹ chúng". Dưới sự thống lĩnh của Trần Quốc Tuấn, Trần Nhật Duật, Trần Quang Khải, Nguyễn Khoái và nhiều tướng khác, quân Đại Việt đã liên tiếp đánh tan quân Nguyên ở đồn A Lỗ (nơi gần điểm hợp lưu của sông Luộc với sông Hồng), cửa Hàm Tử (nay thuộc Khoái Châu, Hưng Yên), Chương Dương Độ (nay thuộc Thường Tín, Hà Nội) và giải phóng Thăng Long trong hai tháng 5, 6.[93] Quyển 209 của Nguyên sử có nhận định: [94]

“	Người Giao chống cự quan quân [Nguyên-Mông], tuy nhiều lần bị bại tan, nhưng binh lực chuyển thành nhiều thêm. Quan quân khốn khổ, thiếu thốn, chết và bị thương cũng nhiều. Quân và ngựa Mông Cổ cũng không thi thố được tài năng nên bỏ kinh thành của họ, qua bờ sông phía Bắc.	”
— An Nam truyện – Nguyên sử

Ngày 7 tháng 6, Thánh Tông và Nhân Tông thân chinh ra Trường Yên, đánh tan một đơn vị quân Toa Đô. Quân Nguyên chết hại "nhiều không kể xiết".[93][91][88]

Sau chiến thắng Trường Yên, ngày 24 tháng 6, hai vua tấn công quân chủ lực của Toa Đô tại Tây Kết (Khoái Châu). Quân hai vua thắng to, chém chết nguyên soái Toa Đô, bắt được hơn 5 vạn quân Nguyên, tịch thu một lượng lớn khí giới. Tổng quản quân Nguyên là Trương Hiển đầu hàng. Đến nửa đêm, Ô Mã Nhi trốn qua cửa sông Thanh Hóa, hai vua thúc quân truy kích nhưng không bắt được, Ô Mã Nhi dùng thuyền vượt biển thoát thân.[93][91][95] Cùng lúc đó, Hưng Đạo vương và anh là Hưng Ninh vương thực hiện nhiều cuộc tấn công lớn trên hướng bắc sông Hồng và quét sạch cánh quân Thoát Hoan khỏi Đại Việt.[91][96][81]

Chiến tranh Nguyên Mông-Đại Việt (1288)

Tranh vẽ trận Bạch Đằng diễn ra vào năm 1288. Tại trận này, Thượng hoàng Trần Thánh Tông đã cùng Hoàng đế Trần Nhân Tông và Quốc công Tiết chế Hưng Đạo vương lãnh đạo quân Việt đánh tan thủy quân Nguyên-Mông.

Cuối năm 1286, vua Nguyên huy động 30 vạn quân và 500 thuyền chiến xâm lược Đại Việt lần thứ ba[97][98]. Ngay sau khi nhận tin này, hai vua Trần và Hưng Đạo vương đã đôn đốc vương hầu chiêu mộ, huấn luyện binh sĩ, đồng thời chế tạo binh khí và tàu thuyền để chuẩn bị kháng chiến.[99][97][100]. Tháng 12 năm 1287, quân thủy bộ Nhà Nguyên chia làm 3 đạo tiến vào Đại Việt. Quân Đại Việt chỉ đánh có tính kìm chân rồi chủ động lui khỏi biên giới. Thoát Hoan lại tung 2 vạn quân tấn công và chiếm Vạn Kiếp làm căn cứ, sau đó tiến về Thăng Long.[101][97][102]

Hưng Đạo vương giao cho Phó đô tướng quân Trần Khánh Dư trấn giữ đường biển. Khánh Dư không ngăn được thủy quân của Ô Mã Nhi đi qua; Thượng hoàng sai trung sứ bắt Khánh Dư về kinh. Nhưng Khánh Dư thuyết phục được trung sứ cho khất vài ngày để lập công chuộc tội.[103]

Ngày 2 tháng 2 năm 1288, quân Nguyên mở màn đánh phá Thăng Long. Quân Đại Việt bỏ thành rút lui.[102].[101] Cũng ngày này, thủy quân Việt do Trần Khánh Dư chỉ huy đã tập kích và tiêu diệt đoàn thuyền lương của Trương Văn Hổ tại Vân Đồn (Quảng Ninh).[104] Thánh Tông tha tội trước của Khánh Dư và nhận định: "Chỗ trông cậy của quân Nguyên là lương thảo khí giới, nay đã bị ta bắt được, sợ nó chưa biết" và ông sai thả tù binh về trại, để họ đưa tin dữ cho Thoát Hoan.[99] Các đoàn thuyền lương khác của quân Nguyên cũng không vào được Đại Việt vì bị bão biển, hoặc vì đi lạc tới Chiêm Thành.[104]

Sau khi Thăng Long thất thủ, Thoát Hoan lệnh cho Ô Mã Nhi truy đuổi Thánh Tông và Nhân Tông. Nhưng hai vua đã lui xuống hạ lưu sông Hồng rồi theo cửa Giao Thủy đi ra biển vòng lên Tháp Sơn (Đồ Sơn).[105][102] Ô Mã Nhi lui quân về Thăng Long. Không tin rằng đoàn thuyền lương của Văn Hổ đã bị tiêu diệt, Thoát Hoan sai Ô Mã Nhi dẫn thủy quân đi tìm Văn Hổ. Lúc này hai vua và Hưng Đạo vương đã tập trung quân thủy bộ ở Tháp Sơn. Khi quân Ô Mã Nhi qua đây, quân Đại Việt tổ chức tập kích ở cửa Văn Úc (ngày 10 tháng 2 năm 1288), và trên biển gần Tháp Sơn, gây nhiều tổn thất cho quân Nguyên. Ô Mã Nhi bèn dẫn quân trở lại Vạn Kiếp.[101][106]

Ở Thăng Long mà không có lương thực, Thoát Hoan lúng túng. Không những thế, quân Đại Việt đã phản công mạnh mẽ và kiểm soát vùng Hải Dương và Hải Phòng đẩy Thoát Hoan vào nguy cơ bị cắt đường về Vạn Kiếp. Tình huống này buộc Thoát Hoan rút quân khỏi Thăng Long quay về Vạn Kiếp.[106] Hai vua Trần ban đầu sai Hưng Ninh vương đến giả vờ hẹn ngày đầu hàng để địch mất cảnh giác, sau đó mở các cuộc đột kích đêm vào Vạn Kiếp.[101] Cuối tháng 3 năm 1288, Thoát Hoan quyết định lui quân khỏi Đại Việt; Ô Mã Nhi được lệnh dẫn một cánh quân thủy rút về trước.[107][100] Ngày 9 tháng 4, cánh quân này tiến đến sông Bạch Đằng và lọt vào trận địa mai phục của đại quân Đại Việt.[108] Dưới sự chỉ huy trực tiếp của Thánh Tông, Nhân Tông và Hưng Đạo vương, quân Đại Việt đã tiêu diệt toàn bộ cánh quân thủy của địch. Nội Minh tự Đỗ Hành bắt các tướng Ô Mã Nhi và Tích Lệ Cơ nộp cho Thánh Tông.[109][100] Đại Việt Sử ký Toàn thư mô tả Thượng hoàng đã sai người đưa hai tướng Nguyên lên thuyền ngự, rồi "cùng ngồi nói chuyện với chúng và uống rượu vui vẻ".[110]

Một ngày trước trận Bạch Đằng, đại quân Nguyên của Thoát Hoan bắt đầu rút từ Vạn Kiếp lên biên giới. Hữu thừa Nguyên là Trình Bằng Phi chọn những binh sĩ thiện chiến yểm hộ cho Thoát Hoan chạy về nước. Quân Nguyên về tới ải Nội Bàng (thị trấn Chũ và xã Bình Nội của Bắc Giang ngày nay) thì bị quân Đại Việt phục kích dữ dội, vạn hộ Nguyên là Trương Quân phải đem 3000 quân liều chết chiến đấu mới thoát khỏi cửa ải. Qua được Nội Bàng, Thoát Hoan lại nhận tin trinh sát rằng phía trước có 30 vạn quân Đại Việt trải dọc suốt 100 dặm mai phục, đành đổi hướng đi qua Đơn Kỷ (khoảng huyện Đình Lập tỉnh Lạng Sơn ngày nay) về Lộc Châu. Tuy nhiên qua đường này, quân Nguyên vẫn bị quân Đại Việt tập kích. Quân Đại Việt từ trên cao bắn tên độc, giết các tướng Trương Ngọc và Abaci. Theo Nguyên sử, quân Nguyên lúc đó đã "thiếu ăn lại mệt vì chiến đấu, tướng tá nhìn nhau thất sắc" nhưng vẫn phải "cố xông vào mà đánh" và "buộc vết thương lại mà đánh".[111][112] Đến ngày 19 tháng 4 năm 1288, quân Nguyên đã bị quét sạch hoàn toàn khỏi Đại Việt.[101]

Trước khi mất năm 1300, Hưng Đạo Đại vương Trần Quốc Tuấn khi được Hoàng đế Trần Anh Tông thăm hỏi, ông đã hồi tưởng lại tinh thần "vua tôi đồng tâm, anh em hòa mục, cả nước góp sức" của thời đại Trần Thánh Tông, Trần Nhân Tông khiến Đại Việt chống chọi được sự bao vây bốn mặt của Toa Đô, Ô Mã Nhi và "giặc phải bị bắt".[113]

Những năm cuối

Nguyên văn lời kể tội Trần Ích Tắc và Trần Kiện bằng chữ Hán trong Đại Việt sử kí toàn thư. Tạm dịch là: Trước kia, người Nguyên vào cướp, vương hầu, quan lại nhiều người đến doanh trại giặc xin hàng. Đến khi giặc thua bắt được cả một hòm biểu xin hàng. Thượng hoàng sai đốt hết đi để yên lòng những [kẻ] phản trắc. Chỉ có [kẻ] nào đầu hàng trước đây, thì dẫu bản thân ở triều đình giặc, cũng kết án vắng mặt, xử tội đi đày hoặc tử hình, tịch thu điền sản, sung công, tước bỏ quốc tính. Như Trần Kiện là con của Tĩnh Quốc thì đổi làm họ Mai... Ích Tắc là chỗ tình thân cốt nhục, tuy trị tội cũng thế, nhưng không nỡ đổi họ xóa tên, chỉ gọi là Ả Trần, có ý chê hắn hèn nhát như đàn bà vậy...

Tháng 4 âm lịch năm 1289, Thượng hoàng Trần Thánh Tông, Hoàng đế Trần Nhân Tông xét công lao các tướng lĩnh trong chiến tranh Nguyên Mông-Đại Việt. Hưng Đạo vương Quốc Tuấn được thăng lên Đại vương, Hưng Vũ vương Quốc Nghiễn được phong Khai quốc công, Hưng Nhượng vương Quốc Tảng nhận chức Tiết độ sứ; Nguyễn Khoái được phong tước Liệt hầu và được cấp hẳn một hương làm thực ấp. Hai vua cũng phong quan tước cho các tù trưởng người dân tộc có công như Lương Uất và Hà Tất Năng.[114] Sau cuộc phong thưởng này, khi có người tỏ ra chưa thỏa mãn, Thượng hoàng đã khuyên bảo:[114]

“	Nếu các khanh biết chắc là giặc Hồ không vào cướp nữa thì nói rõ cho trẫm biết, dù có thăng đến cực phẩm trẫm cũng không tiếc. Nếu không thế mà đã vội thưởng hậu, vạn nhất giặc Hồ trở lại và các khanh lại lập công nữa thì trẫm lấy gì mà thưởng để khuyến khích thiên hạ.	”
— Trần Thánh Tông

Lăng Trần Thánh Tông ở Long Hưng, Thái Bình.

Khi quân Nguyên tháo chạy, bỏ lại một tráp công văn. Quân Đại Việt bắt được và phát hiện nhiều giấy tờ của vương hầu, quan lại tư thông với quân Nguyên. Đình thần muốn mang đối chiếu để trị tội, nhưng Thượng hoàng Thánh Tông làm theo gương Hán Quang Vũ Đế, cho rằng trị tội kẻ tiểu nhân cũng vô ích, rồi sai đốt hết đi.[114][115][116] Tuy nhiên, những người thật sự đã đầu hàng Nhà Nguyên đều bị nghiêm trị. Quan lại thì bị xử tử, tịch thu tài sản hoặc bắt đi đày, còn quân dân thì được tha chết nhưng phải chịu các loại hình phạt khổ sai như "chở gỗ đá, xây cung điện để chuộc tội", hoặc phải làm lính hầu, nô tỳ cho vương hầu và tể tướng.[114] Hai vua cũng bắt các vương hầu, tôn thất đã theo quân Nguyên phải bỏ họ Trần, đổi sang họ Mai. Trần Kiện tuy đã bị tướng Nguyễn Địa Lô bắn chết (1285) nhưng vẫn bị các văn kiện thời đó chép là Mai Kiện. Trần Ích Tắc cũng bị loại khỏi tôn thất, nhưng hai vua coi là "chỗ tình thân cốt nhục" nên "không nỡ đổi họ xóa tên, chỉ gọi là Ả Trần, có ý chê hắn hèn nhát như đàn bà vậy".[114][117]

Theo Thánh đăng ngữ lục, Thượng hoàng về cuối đời đã đi tu tại chùa Tư Phúc, dưới sự hướng dẫn của Quốc sư Trúc Lâm Đại Đăng. Ông lấy đạo hiệu Vô Nhị Thượng Nhân (無二上人). Thượng hoàng đã dành nhiều thời gian cho việc viết sách và đàm đạo với các nhà Thiền học.[118][9][119] Một trong những thiền sư được Thượng hoàng kính trọng là Tuệ Trung Thượng Sĩ, tức Hưng Ninh vương Trần Quốc Tung – anh Hưng Đạo vương Trần Quốc Tuấn. Sách Tuệ Trung Thượng Sĩ ngữ lục do Trần Nhân Tông biên soạn đã kể Thượng hoàng gọi Tuệ Trung Thượng Sĩ là "đạo huynh" và thuật lại một cuộc đàm đạo giữa hai người:[120]

"Thái hậu Nguyên Thánh Thiên Cảm qua đời [năm 1287], nhà vua làm lễ trai tăng ở cung cấm. Nhân lễ khai đường, vua thỉnh những vị danh đức các nơi, theo thứ lớp mỗi vị thuật bài kệ ngắn để trình kiến giải. Kết quả thảy đều quến sình ủng nước, chưa có chỗ tỏ ngộ. Nhà vua lấy quyển tập đưa Thượng Sĩ. Thượng Sĩ viết một mạch bài tụng tự thuật rằng:"Kiến giải trình kiến giải,Tợ ấn mắt làm quái.Ấn mắt làm quái rồi,Rõ ràng thường tự tại."Nhà vua đọc xong, liền phê tiếp theo sau:"Rõ ràng thường tự tại,Cũng ấn mắt làm quái.Thấy quái chẳng thấy quái,Quái ấy ắt tự hoại."Thượng Sĩ đọc, thầm nhận đó."

Ngày 25 tháng 5 năm Trùng Hưng thứ 6 (tức 3 tháng 7 năm 1290), Thượng hoàng Thánh Tông qua đời tại cung Nhân Thọ, hưởng dương 50 tuổi. Thánh đăng ngữ lục có chép một số chi tiết về những ngày cuối cùng trong cuộc đời Trần Thánh Tông:

"Vua bệnh, Thượng sĩ Tuệ Trung gởi thơ đến thăm, vua viết vào cuối trang đáp lại:"Hơi nóng hừng hực mồ hôi đẫm,Chiếc khố mẹ sanh vẫn ráo khô."(Viêm viêm thử khí hãn thông thân,Hà tằng hoán đắc nương sanh khố?)Đến lúc bệnh nặng, vua thường lấy ngón tay gõ vào chiếc gối, như có sở đắc điều gì. Chốc lát, vua đòi bút viết bài kệ:Sinh như mặc áoChết tợ cởi trầnTừ xưa đến nayKhông đường nào khác.(Sanh như trước samTử như thoát khốTự cổ cập kimCánh vô dị lộ)Liền hét, nói: Chữ bát mở toang đà trao phó, còn đâu việc nữa đáng trình anh. Rồi vua đuổi hết kẻ hầu hạ, chỉ còn một mình Nhân Tông đứng hầu một bên, thưa: Bệ hạ còn nhớ lời của ngài Vĩnh Gia chăng?"Rành rành thấy, không một vật,Cũng không người chừ cũng không Phật.Cõi cõi đại thiên bọt nổi trôiTất cả Thánh Hiền như điện chớp...Dẫu cho vòng sắt trên đầu chuyển,Định tuệ sánh tròn vẫn không mất."Vua nghe xong, bất chợt cười lên rồi gõ chiếc gối tụng:Rành rành thấy, không một vật,Cũng không người chừ cũng không Phật.Cõi cõi đại thiên bọt nổi trôi,Tất cả Thánh Hiền như điện chớp.Xong, ngay chiều hôm đó sấm gió nổi dậy, thấy một vầng ánh sáng tròn rọi nơi bức vách ngăn, vua liền băng, hưởng thọ 51 tuổi, nhằm ngày 22 tháng 05 năm Canh Dần (1290)."

Vua Nhân Tông an táng Thượng hoàng ở Dụ Lăng - phủ Long Hưng (nay là Tiến Đức, Hưng Hà, Thái Bình). Triều đình dâng ông miếu hiệu là Thánh Tông (聖宗) và thụy hiệu là Huyền Công Thịnh Đức Nhân Minh Văn Vũ Tuyên Hiếu Hoàng đế (玄功盛德仁明文武宣孝皇帝).[121] Ngày nay ở trung tâm thành phố Hà Nội có phố mang tên Trần Thánh Tông.